(1)对农产品本身质量的影响

不合理施用化肥和农药将导致农产品质量下降，甚至造成污染，危害人类的食物安全和健康。

不合理施用化肥，对农产品质量的影响中最为突出的是硝酸盐含量超标。硝酸盐还原后形成亚硝酸盐，亚硝酸盐可与人体内血红蛋白结合成高铁血红蛋白，导致患者出现紫绀等缺氧症状，严重时可使人窒息死亡。同时，硝酸盐和亚硝酸盐还具有致癌作用。过量施用氮肥也将导致某些作物籽粒的蛋白质中氨基酸比例发生变化，营养品质下降;过量施用磷肥将对蔬菜、水果中的有机酸、维生素C等的含量以及果实的大小、着色、形状、香味等带来一系列影响。

不合理施用农药对农产品的影响主要是残留农药的危害。在20世纪80年代前，由于我国主要使用有机氯农药，它们在土壤、植物乃至整个农业生态系统中的残留会持续很长时间，虽然1983年后已禁止使用，但至今仍可从部分地区作物收获物中分析出残留的有机氯农药或其衍生物。目前使用的有机磷农药，虽然较易降解，但因其毒性强，加之部分地区施用量过大或施用方法不当，也会对农业生态环境产生较大污染。

(2)对土壤质量的影响

土壤质量退化是当前影响人类生存的十大环境问题之一。化肥、农药等对土壤的污染，被认为是造成农田土壤退化的重要原因。

化肥的影响是多方面的。单独施用化肥会导致土壤结构变差、容重增加、孔隙度减少;施用化肥可能使土壤有机质上升速度减缓甚至下降，部分养分含量相对较低或养分间不平衡，不利于土壤肥力的发展;单独施用化肥将导致土壤中有益微生物数量甚至微生物总量减少;过量施用化肥，其中的一些成分会对土壤产生相应的污染。目前，我国大部分耕地质量退化，对化肥的依赖性愈来愈强。

农药的影响主要是污染土壤，使土壤中农药及其衍生物残留量增加。如我国20世纪70年代大量使用的有机氯农药，目前还可从土壤中检测到DDT、六六六等的残留物或衍生物。

(3)对水体环境的影响

化肥对水体的污染造成我国江河湖泊的富营养化十分严重，水体中氮、磷的含量超过规定标准几倍甚至更多，大多数湖泊均出现了不同程度的富营养化。

(4)对大气环境的影响

化肥对大气环境的影响中令人关注的是N20，土壤中的硝态氮易被还原为N20，N20的排放量与氮肥施用量、温度、土壤水分状况等密切相关，我国氮肥的当季利用率一般仅30%～50%，损失的氮元素中有相当部分要以N20的形式排放到大气中。另外，采用喷雾方式施用农药时，农药中部分有机溶剂和农药会飘浮在空气中造成污染。